La planète possède un noyau métallique relativement gros, plus gros que celui de la Terre en proportions

La composition interne est de 70% de métaux (principalement dans le noyau) et 30% de silicate (manteau).

La densité moyenne est de 5430 kg/m³, ce qui est nettement moins que la densité terrestre. La raison pour laquelle Mercure est moins dense que la Terre en dépit d'une telle quantité de fer est que la masse globale de la Terre comprime la planète et crée ainsi une forte densité.

Mercure n'a que 5,5% de la masse de la Terre

Le noyau de fer remplit 42% du volume planétaire (celui de la Terre ne remplit que 17% de son volume). Il est recouvert d'un manteau d'une épaisseur de 500 à 600 km, puis d'une croûte.

La gravité de Mercure est 18 fois moins élevée que sur la Terre

En comparaison avec la Lune, dont Mercure ressemble beaucoup en apparences, elle est 40% plus grande, 4,5 fois plus massive et beaucoup plus riche en fer que cette première.

Mercure a un pourcentage de fer plus important que tout autre objet du système solaire.

Plusieurs théories ont été proposées pour expliquer la haute métalicité de Mercure :

• L'une d'entre elles suggère que Mercure avait à l'origine un ratio métal-silicate semblable à celui des chondrites et une masse d'environ 2,25 fois la masse courante, mais que tôt dans l'histoire du système solaire, Mercure aurait été frappée par un planétésimal d'environ 1/6 de cette masse. L'impact aurait arraché à la planète une grande partie de sa croûte et de son manteau, laissant derrière le noyau (métallique). Une théorie similaire a été proposée pour expliquer la formation de la Lune
• Alternativement, Mercure aurait pu s'être formée très tôt dans l'histoire, avant même que l'énergie dégagée par le Soleil ne se soit stabilisée. Mercure aurait à sa formation le double de sa masse courante, mais à mesure que la proto-étoile se contractait, la température aux alentours de Mercure aurait pu être de l'ordre de 2500-3500 K, voir même jusqu'à 10 000 K. À de telles températures, une grande partie de la surface de Mercure aurait été vaporisée, formant une atmosphère de « vapeurs rocheuses » qui aurait été transportée ailleurs par les vents solaires
• Une troisième théorie, similaire à la seconde, propose que les couches extérieures de Mercure aient été « érodées » par les vents solaires durant une plus longue période.

Malgré sa faible vitesse de rotation, Mercure a une magnétosphère relativement forte, avec 1% de la force du champ magnétique généré par la Terre

Il est possible que ce champ magnétique soit généré d'une façon similaire à celui de la Terre, par un effet dynamo provoqué par la circulation des matériaux liquides du noyau. Cependant, les estimations récentes suggèrent que le noyau de Mercure n'est pas assez chaud pour que le fer-nickel soit présent sous forme liquide. En revanche, il est possible que d'autres matériaux avec un point de fusion plus bas, comme le soufre, en seraient responsables.

Il se peut également que le champ magnétique de Mercure soit le reste d'un ancien effet dynamo qui a maintenant cessé, devenu « figé » dans les matériaux magnétiques solidifiés.